O Convento de São Domingos de Lisboa foi fundado em 1242 por D. Sancho II, Rei de Portugal e continuado pelo seu irmão, o futuro rei D. Afonso III. Tinha uma cerca desafogada mas pela sua situação sofria grandes inundações quando a chuva era muita e descia pelas colinas abaixo. De tal modo foram grandes os prejuízos da inundação de 16 de Setembro de 1488 que o rei D. Manuel se propôs a corrigir os estragos e a construir novos dormitórios. No entanto, os estragos continuaram, sendo os maiores os do tremor de terra de 1531 que abriu as paredes até aos alicerces.

A igreja do convento era um centro de devoções e procissões populares muito queridas pelos lisboetas. Junto ao convento existia uma ermida chamada "Nossa Senhora da Escada", pois a ela se subia por uma escada. Era também de grade devoção dos reis e príncipes da dinastia de Avis. Dentro da própria igreja, existiam várias irmandades, cada uma com a sua capela, tais como a do Santíssimo Nome de Jesus (devoção concedida aos Dominicanos pelo Papa Gregório X em 1274), a de Nossa Senhora do Rosário dos Homens Pretos (aprovada em 1479), a dos Santos Reis Magos, a de São Jorge dos Ingleses, a de Santa Cruz e Santo André de Borgonha, a da Casa da Suplicação ("Tribunal Supremo da Justiça deste Reino"), a de Santa Catarina de Sena e, finalmente a de São Pedro Mártir, irmandade dos oficiais e membros do Tribunal da Inquisição. Da igreja saía, portanto, várias procissões, sendo a mais importante a do Corpo de Deus.

Dos frades que viveram ou morreram neste convento destacam-se:

fr. Vicente de Lisboa, reformador da província dominicana e fundador do Convento de São Domingos de Benfica; o beato Bartolomeu dos Mártires, Arcebispo de Braga e grande figura do Concilio de Trento, fr. Gaspar dos Reis, fr. Jorge de Santiago, fr. Francisco Foreiro, que foi o grande revisor dos livros litúrgicos da reforma tridentina, D. fr. Jorge Temudo, primeiro Bispo de Cochim e Arcebispo de Goa; D. fr. Bernardo da Cruz, Bispo de S. Tomé e Reitor da Universidade de Coimbra, D. fr. Jorge de Lemos, Bispo do Funchal, fr. António de Sousa, pregador real e Bispo de Viseu, fr. Luís de Granada, muito celebrado pregador e escritor espiritual. Como teólogos encontramos ainda fr. António de São Domingos, Leitor de Teologia em Coimbra, fr. Luís de Sotto-Mayor, Leitor de Sagrada Escritura e também Teólogo em Trento e fr. Bartolomeu Ferreira, o Censor que deixou imprimir os "Lusíadas".

Desde a fundação do Convento que os frades davam aulas aos seus estudantes: duas de Teologia e uma de Artes e Filosofia. O rei D. Manuel ordenou que se fundasse um colégio (1517) sob a invocação de São Tomás de Aquino, que o seu filho, o rei D. João III transferiu para Coimbra (1534). No entanto, a rainha D. Catarina pediu que, no convento se dessem aulas de casos de consciência, aberta s a padres seculares, pobres, vinte da Diocese de Lisboa e o restante do resto do reino.

Também no século XVII se distinguiram vários frades em Teologia como fr. Pedro de Magalhães, fr. Domingos de São Tomás, fr. Álvaro Leitão e fr. Bento de São Tomás. No século XVIII habitavam neste convento os membros da Academia Real da História: fr. Pedro Monteiro, fr. Fernando de Abreu e fr. Lucas de Santa Catarina.

Aquando do terramoto de 1755 era a maior e uma das mais bonitas igrejas de Lisboa. O Convento, o átrio, o tecto da sala do capítulo, com obras de Bento Coelho desabaram. Na igreja morreram muitas pessoas com a queda do tecto do corpo principal. A biblioteca ardeu completamente. Só se salvou a capela-mor da Sacristia. Em 1763 recomeçaram as obras de restauro da igreja conduzidas por Carlos Martel. Cinco anos depois, o rei D. José dava a antiga fachada da igreja patriarcal para a igreja de São Domingos que ainda hoje se conserva.

Ainda nos finais do século XVIII se tentaram retomar os estudos no convento mas não se obteve grande sucesso e com as sucessivas leis contra as ordens religiosas, os frades iam diminuindo em número até á extinção definitiva em 1834, passando a igreja a Paróquia de Santa Justa e Santa Rufina. A presença dominicana em Lisboa ficou reduzida à igreja do Corpo Santo – Padres Irlandeses – e do Convento e Colégio do Bom-Sucesso.

Os Dominicanos só voltaram a Lisboa com o Colégio "Clenardo" (1947-1968) e abriu-se, no ano seguinte a residência "Santa Filomena" com o auxílio dos Dominicanos canadianos. Em 1952 é criado o Vicariato de Portugal e a Província Portuguesa é restaurada a 11 de Março de 1962.

O estudantado passou de Fátima para Lisboa, cuja residência, aberta em 1970, é elevada a casa "João XXIII" em 1974 e a convento em 1979. Esta é suprimida e reabre o novo convento de São Domingos de Lisboa, a 21 de Março de 1994, sucessor no tempo ao antigo Convento de São Domingos (na Baixa) de 1241.

O Convento de São Domingos de Lisboa, situado na Rua João de Freitas Branco, é da autoria dos arquitectos João Paulo Providência Santarém e José Fernando castro Gonçalves.

O projecto prevê quatro etapas de construção: Residência Conventual (1994), Igreja Conventual (2005), Centro Cultural Dominicano e Residência Universitária.